Para alcançar seus objetivos, o Naea adota uma estrutura organizacional baseada numa Diretoria Geral e Diretoria Adjunta, Colegiados Deliberativos, assim como 3 (três) Coordenadorias e 3 (três) Subunidades acadêmicas-administrativas:

Colegiados Deliberativos;

A Direção do Núcleo;

A Diretoria Adjunta;

A Secretaria Executiva;

As Subunidades Acadêmicas;

A Coordenadoria de Pesquisa e Extensão;

A Coordenadoria de Planejamento e Gestão;

A Coordenadoria de Comunicação, Difusão e Promoção Científica;

A Biblioteca Setorial José Marcelino Monteiro da Costa;

O Centro de Estudos Sul-Americano e do Caribe.

As Subunidades são o Programa de Pós-Graduação em Desenvolvimento Sustentável do Trópico Úmido (PPGDSTU), o Programa de Pós-Graduação em Gestão Pública (PPGGP) e o Programa de Pós-Graduação Lato Sensu (PPLS). O PPGDSTU é constituído pelo Doutorado em Desenvolvimento Sustentável do Trópico Úmido (PDU) e pelo Mestrado em Planejamento do Desenvolvimento (PLADES), ambos acadêmicos. Ao passo que o PPGGP é formado pelo Mestrado Profissional em Gestão Pública. Cada uma destas Subunidade possui um instância Colegiada para a tomada de decisão no seu respectivo âmbito.

O Naea também possui a Coordenadoria de Comunicação, Difusão e Promoção Científica que inclui a Revista Novos Cadernos Naea, os Papers do Naea e a Editora Naea.

A Coordenadoria de Pesquisa e Extensão é comandada pelo/a ocupante da função de Diretor/a Adjunta. Sob a supervisão direta deste/a, encontra-se a Secretaria de Pesquisa e Extensão e o  Laboratório de Análises Espaciais Prof, Dr. Thomas Peter Hurthienne, (Laena).

A Coordenadoria de Planejamento e Gestão responsabiliza-se pela gestão administrativa do Núcleo que inclui o Setor de Tecnologia da Informação (Setin), a Divisão Técnico-Administrativa e o Almoxarifado.

O Auditório Prof. Armando Dias Mendes e a Biblioteca completam a estrutura administrativa do Naea. A Biblioteca localiza-se no andar térreo e funciona diariamente de segunda à sexta, de 8h às 18h. Atende a toda comunidade universitária com serviços de consulta e empréstimos aos docentes, discentes e técnico-administrativos da UFPA.

A Biblioteca está integrada ao Sistema de Bibliotecas da UFPA por meio do Sistema Pergamum.